Rechazo a reforma
Los Chuchos presentaron como un triunfo de la izquierda la reforma electoral de 2007-2008 que estableció el recuento voto por voto cuando la diferencia entre primero y segundo lugar fuera menor a 1%, y la prohibición a las campañas negativas, sin embargo, López Obrador no avaló esa reforma ni la consideró positiva.
Voz cantante
En abril de 2008, López Obrador, quien encabezó el rechazo a la iniciativa del presidente Calderón para abrir a la inversión privada ciertas actividades del sector energético, como la construcción de ductos para transporte de combustibles, tuvo un altercado con el líder de los senadores perredistas, Carlos Navarrete, perteneciente a Los Chuchos.
El ex candidato reprochó que el senador Graco Ramírez, gobernador electo de Morelos, hubiera firmado un calendario de diálogo sobre la reforma y dijo a Navarrete: “Ahora resulta que Graco es más importante que yo”, y le advirtió que él había echado a andar el movimiento de resistencia, por eso, los legisladores debían estar atentos a lo que él resolviera.
Disputa por el PRD
En las elecciones para presidente del partido contendieron Alejandro Encinas, incondicional de López Obrador, y Jesús Ortega, quizá su principal opositor. El tabasqueño envió una carta a los militantes pidiendo el voto para su aliado, lo que provocó la ira del bando contrario. Las elecciones se caracterizaron por prácticas ilegales y ambas partes denunciaron fraude. El Tribunal Electoral, al que acudieron para arbitrar pese a que dos años antes lo habían acusado de ser cómplice del “fraude” en la elección presidencia, le dio el triunfo a Ortega.
Amago de expulsión
En 2009, el presidente del PRD declaró en Michoacán que no descartaba iniciar un proceso de expulsión a los militantes que pedían el voto para otras fuerzas políticas, ya que López Obrador solicitó el voto para PT y Convergencia a fin de que mantuvieran el registro. Ortega dijo que dejaría que pasaran las elecciones para resolver sobre ese asunto para no causar un conflicto interno, pero después se retractó.