Gobiernos estatales hicieron pagos irregulares por 7.9 mil millones pesos al SNTE entre 2009 y 2011, recursos que contribuyeron a aceitar la maquinaria electoral encabezada por Elba Esther Gordillo durante los dos sexenios del PAN.
De acuerdo con los documentos base de la Auditoría Superior de la Federación para analizar la gestión del Fondo de Aportaciones para la Educación Básica, en 2009 el gremio magisterial recibió 2.1 mil millones de pesos en apoyos directos.
Ese mismo año, el partido Nueva Alianza logró mantener su registro al lograr 3.41% del total de la votación nacional a nivel federal, equivalentes a un millón 181 mil 859 votos. Los cinco estados que obtuvieron el mayor porcentaje de votos para Nueva Alianza en 2009 fueron Hidalgo, Aguascalientes, Baja California, Baja California Sur y Chihuahua.
En aquella ocasión, el partido de la maestra se alió con el PAN en la elección para gobernador de Baja California, mientras que en Campeche, Colima y Querétaro se alió con el PRI.
Dos años más tarde, el ex candidato a la gubernatura de Veracruz, Miguel Ángel Yunes, acusó a Gordillo de pedirle 300 millones de pesos para las elecciones intermedias de 2009 durante el periodo en que el panista fungió como director del ISSSTE.
En 2010, el SNTE recibió 2.3 mil millones de pesos a nivel nacional. Ese mismo año, Rafael Moreno Valle ganó las elecciones a la gubernatura de Puebla como abanderado de la coalición Compromiso por Puebla, conformada por los partidos PAN, PRD, Convergencia y Nueva Alianza. La cercanía del gobernador poblano con Gordillo desató una serie de acusaciones por una presunta inyección de fondos del SNTE.
En 2011, el sindicato recibió apoyos directos e indirectos por 3.4 mil millones de pesos. Ese año, la intervención de Gordillo resultó determinante para que el candidato de la coalición PRI-PVEM-Nueva Alianza a la gubernatura del Estado de México, Eruviel Ávila Villegas, resultara ganador de la contienda con más de 60% de los votos.
En 2011, el gobierno del Estado de México destinó poco más de 774 millones de pesos al SNTE a través de pagos irregulares acreditados por la ASF.
Sin embargo, la ruptura entre Nueva Alianza y el PRI para las elecciones presidenciales de 2012 evidenció el distanciamiento entre Peña y la maestra. Esto, debido a las molestias que causó entre algunos grupos del tricolor, como el comandado por el entonces senador Manlio Fabio Beltrones, el reparto de candidaturas para los partidos aliados.
Para el investigador de la UAM, Aldo Muñoz, en su trabajo “El SNTE y Nueva Alianza: del control político del magisterio a la cohabitación pragmática electoral”, la maquinaria electoral que la maestra fortaleció a partir de la llegada del PAN a la Presidencia generó un nuevo equilibrio de poderes a nivel federal y estatal.