A pesar de que las prisiones militares no presentan condiciones de hacinamiento y sobrepoblación como los Centros de Reinserción Social y los Centros Federales, presentan deficiencias en otros rubros que tienen que ver con maltrato, la educación, salud y control de adicciones.
En estas cárceles no existen procedimientos para la atención y prevención de casos de maltrato y tortura, tampoco actividades laborales y de capacitación. No existe la correcta separación entre hombres y mujeres, de procesados y sentenciados, actividades educativas, y no se tiene un registro de los internos con VIH y de su ubicación.
El Diagnóstico Nacional de Supervisión Penitenciaria 2012, elaborado por la Comisión Nacional de Derechos Humanos, evaluó la Prisión Militar del a I Región Militar en el Distrito Federal, la de la III Región en Sinaloa y la V Región Militar en Jalisco.
A pesar de tener la mejor calificación de los centros evaluados, estas tres reprobaron en el rubro que tiene que ver con “grupos de internos con requerimientos específicos”, ya que aparte de los pacientes con VIH, no se cuenta con los registros de internos que pertenezcan a grupos indígenas, adultos mayores, con discapacidad y adicciones.
La Prisión militar de la III Región en Mazatlán, Sinaloa, tiene capacidad para 248 internos y hasta el momento cuenta con 199. La que se ubica en el Campo Marte, Distrito Federal, tiene capacidad para 864 y aloja a 507 personas. “La Mojonera”, en Zapopan, Jalisco, cuenta con capacidad para 115 y hasta el momento lleva 112 presos, por lo que la sobrepoblación no es factor que impida la reinserción.
Sin embargo, las tres tienen carecen de instalaciones, especialmente en el área femenil: no cuentan con cocina, comedores, talleres aulas, áreas de visita familiar, visita íntima, instalaciones deportivas, área médica y patio. En Zapopan y en el Distrito Federal carecen de instrumental médico para mantener la salud de los internos.
En cuanto a la gobernabilidad, la prisión de Campo Marte y la de Mazatlán, carece de un manual de procedimientos para traslados de internos, el uso de la fuerza, para presentar quejas e irregularidades durante el proceso de sanciones disciplinarias: no hay una certificación de integridad física de los internos, no se integra la sanción al expediente y el área de trabajo social no da aviso a los familiares del interno. En La Mojonera no existe personal suficiente de seguridad y custodia en los traslados.
La reinserción social de los internos se dificulta porque hay deficiencias en la separación entre procesados y sentenciados, en la clasificación criminológica y no hay personal suficiente de pedagogía y trabajo social. Además se carece de actividades educativas, deportivas y en el caso de La Mojonera, hay ausencias en acciones relacionadas con beneficios de libertad anticipada.