A pesar de que en la última década el gobierno federal les ha transferido más de 6 mil 243 millones 724 mil 515 pesos, 27 universidades públicas no han podido abatir sus pasivos, producto del pago de pensiones y jubilaciones de sus trabajadores.
El más reciente reporte de la Auditoría Superior de la Federación sobre el sistema de pensiones de las Universidades Públicas Estatales (UPE), en 2013 las instituciones tenían pasivos por 227 millones 739 mil 900 pesos; esto se debe a que tuvieron ingresos de 331 millones 598 mil 100 millones de pesos pero sus obligaciones de pago ascendieron a 559 millones 338 mil pesos.
El déficit que acumulan las universidades -continúa la ASF- está relacionado con el tipo de sistema de pensiones o jubilaciones que soportan. Así, la pensión de 132 mil 999 trabajadores depende, según la modalidad, de la propia universidad, del Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), del Instituto de Servicios de Seguridad Social para los Trabajadores del Estado (ISSSTE) o de un esquema combinado.
Tlaxcala (cuyo régimen está afiliado a una institución de seguridad social) tiene un déficit de 446 millones 300 mil pesos. Las instituciones que cuentan con régimen complementario de pensiones y jubilaciones como el Instituto Tecnológico de Sonora, las universidades de Guanajuato, las Autónomas de Tamaulipas, San Luis Potosí, Guerrero, Zacatecas, Aguascalientes, Chihuahua y Baja California acumulan entre todas un déficit de 627 millones 584 mil pesos.
La Benemérita Universidad Autónoma de Puebla, la Universidad Juárez Autónoma de Tabasco, Universidad de Colima, las Autónomas de Yucatán, Campeche, Baja California Sur, Ciudad Juárez, Nuevo León, del Carme y Coahuila (con su propio régimen de pensiones) deben 616 millones 936 mil pesos.
Mientras que la Universidad de Guadalajara, las Autónomas de Sinaloa, del Estado de Morelos, de Nayarit, del Estado de Hidalgo y de Querétaro (que disponen de un sistema de pensiones propio, y además sus trabajadores reciben pensiones de alguna institución de seguridad social) acumulan un déficit de mil 028 millones 417 mil pesos.