Juan Ramón de la Fuente siempre fue un personaje respetado por Andrés Manuel López Obrado y el ex rector siempre se mantuvo respetuoso del ahora ganador de la elección presidencial, por eso no es extraño que haya sido propuesto como embajador de México en la ONU.
Contrario a lo que sucede con el nombramiento de Manuel Bartlett, que ha sido cuestionado por aquellos que aún sienten el agravio de lo que se le conoció como la caída del sistema, cuando Carlos Salinas de Gortari le ganó la elección a Cuauhtémoc Cárdenas, el nombramiento de De la Fuente fue bien recibido y en algunos casos hasta aplaudido.

Cuando tomaba fuerza la idea de las candidaturas independientes, impulsada entre otros personajes por Jorge Castañeda, muchas voces lo proponían como un aspirante fuerte a buscar la Presidencia, pero, a pesar de que estaba a favor de que se abrieran nuevos espacios no partidistas, tuvo claro que no había condiciones, entre otras cosas, porque algunos de los que lo proponían buscaban enfrentarlo con Andrés Manuel.
Él ya había tomado una decisión, trabajar por el fortalecimiento de la democracia en México desde la sociedad civil y la academia a través del Instituto Aspen México.

De la Fuente fue compañero, en el gabinete de Ertnesto Zedillo, de Esteban Moctezua Barragán, quien será el próximo secretario de Educación Pública, pero que con Zedillo fue secretario de Gobernación y de Desarrollo Social.
Los dos, en ese sexenio, se enfrentaron a temas espinosos para su entonces jefe. Moctezuma, buscó negociar con el Ejército Zapatista de Liberación Nacional y a De la Fuente le tocó enfrentar la toma de las instalaciones de la UNAM por parte del CGH. En el 2000, precisamente en su gestión como rector entró la Policía Federal Preventiva a rescatar las instalaciones en una huelga que duraba ya 10 meses. Y después, a petición del Consejo Universitario, la PFP volvió a entrar a la casa de estudios a resguardar las instalaciones para que los universitarios se fueran de vacaciones.

Secretario no priista

Un día, Zedillo le llamó y le pidió un proyecto de Salud para el país, como el que Luis Donaldo Colosio le había pedido, sobre Educación, cuando era candidato. El universitario lo hizo y cuando el presidente-politécnico lo invitó como secretario de Salud, De la Fuente le aclaró que no estaba afiliado al PRI.
La respuesta a quien posteriormente sería rector de la UNAM, fue, palabras más o palabras menos: “Allá tú si no quieres pagar tus cuotas”. Así, De la Fuente se convirtió en uno de los seis miembros del gabinete de Zedillo que no tenían partido político.
Y desde que apareció en el gabinete de Zedillo, algunos sectores lo han considerado como un perfil adecuado para ser candidato a la Presidencia. En esos tiempos, no ser militante de un partido se veía como una debilidad, más adelante, sería una fortaleza.

Reconocido en la UNAM

De la fuente pertenece a lo que se le conoce en la UNAM como la élite universitaria: su padre, Ramón de la Fuente Muñiz fundó el Instituto Nacional de Psiquiatría, que actualmente lleva su nombre; académico de la casa de estudios, perteneció a la Junta de Gobierno. Su madre, Beatriz una académica reconocida dentro y fuera de la Universidad Nacional, fue directora de la Escuela de Historia del Arte de la Universidad Iberoamericana y en la UNAM de la directora del Instituto de Investigaciones Estéticas.