A partir del tercer año de gobierno de Tomás Yarrington en Tamaulipas, los enfrentamientos, los homicidios violentos y el secuestro, se volvieron una constante, mientras que en el último tercio del gobierno de Eugenio Hernández, las fugas de reos y los ataques a medios se hicieron permanentes.
El detonante en el caso del sexenio de Yarrington fue la detención de Osiel Cárdenas, que trajo como consecuencia la confrontación entre el Cártel del Golfo y su grupo armado Los Zetas; esto ocurrió por la llegada de Jorge Costilla Sánchez como sucesor del líder aprehendido.
Si bien la violencia en Tamaulipas entre grupos rivales imprimió su sello en el gobierno de Manuel Cavazos Lerma, el sexenio de Tomas Yarrington se caracterizó por la disputa por la frontera, por los operativos fallidos y por la baja de más de un millar de policías por estar involucrados con el narco.
A su sucesor, Eugenio Hernández Flores, lo caracterizó en su mandato el crecimiento de los halcones –vigías pagados por el narco-, el éxodo de empresarios locales hacia Estados Unidos, las fosas clandestinas y el asesinato de quien se preveía fuese su sucesor, Rodolfo Torre Cantú.
En el sexenio de Yarrington, en la zona fronteriza se registraron mil 253 asesinatos ligados con enfrentamientos, de acuerdo con cifras del Centro de Estudios Fronterizos y de Promoción de los Derechos Humanos, A.C. (Cefprodhac).
Esta asociación destaca que esos asesinatos corresponden tan sólo a los municipios de Nuevo Laredo, Matamoros, Reynosa, Miguel Alemán, Valle Hermoso, Mier, Camargo y Nuevo Guerrero.
Además, de 2001 a 2004, tan sólo en el municipio de Nuevo Laredo fueron cesados 300 policías por sus presuntos nexos con el narcotráfico, mientras que de 1999 a 2001 en esa misma demarcación fueron despedidos 598 agentes municipales por el mismo motivo.
En esos seis años en Tamaulipas aumentaron las privaciones ilegales de la libertad conocidas como levantones, no sólo de civiles, sino también de policías municipales, aunque de esto no hay cifras documentadas porque las organizaciones civiles, consideran que hay un subregistro por el temor presentar las denuncias.
En el último año de gobierno de Eugenio Hernández, se registraron de manera inédita cinco fugas en los penales de los municipios de Matamoros, Reynosa y Nuevo Laredo, de los cuales huyeron 291 internos, la mayor parte de ellos presuntos zetas.
La cifra refleja que las fugas se multiplicaron, si se toma como referente que hasta ese momento la cifra mayo rde evasiones correspondía a 2001 con un total de 29 presos prófugos.
Mientras tanto, el 28 de junio de ese mismo 2010, fue ejecutado el candidato del PRI a la gubernatura, Rodolfo Torre Cantú.
Otra de las características de su gobierno fueron los ataques a medios de comunicación como ocurrió con las agresiones al periódico El Mañana de Nuevo Laredo, el 17 de marzo de 2004, cuando fue asesinado su director editorial Roberto Mora García, y el 7 de febrero de 2006 fueron rafagueadas sus instalaciones por hombres armados.
Otro de los homicidios de periodistas ocurridos en su sexenio fue el de la reportera de radio, Guadalupe García Escamilla, conductora de un programa de noticias policiacas en la estación XHNOE, el 5 de abril de 2005.
El reportero de Radio Rey, Jorge Rábago Valdez, fue secuestrado el 19 de febrero de 2010, y tras torturarlo sus captores lo liberaron el 1 de marzo de ese mismo año, mientras que unos días después, dos reporteros de Milenio, fueron plagiados en Reynosa, y liberados horas después.
El último año de gobierno de Hernández Flores fue el más violento; justo en el mes de marzo, las balaceras, las narcomantas, la suspensión de clases en las escuelas y el cierre de comercios alas 2 de la tarde por la inseguridad, fueron el escenario que predominó en Ciudad Mante durante los dos meses siguientes.
Y antes de que entregara su administración, la noticia de que se secuestraba a migrantes que no querían ser reclutados por Los Zetas, se confirmaría mediante el hallazgo de tres fosas en San Fernando, en las cuales el 25 de agosto de 2010 fueron localizados los cadáveres de 72 personas.
El éxodo de empresarios de Nuevo Laredo y Reynosa también ocurrió en ese periodo de Hernández, de acuerdo con un reporte de la empresa Allied –dedicada al ramo inmobiliario-.
Texas ocupó ese año el primer lugar de inmigración en los Estados Unidos; muchos de sus nuevos pobladores eran empresarios y comerciantes tamaulipecos, que ante la inseguridad y el desplome en sus ventas decidieron residir del otro lado de la frontera.