Mrdaković militó con múltiples clubes de 1998 al 2014; su debutó fue con el RSC Anderlecht de Bélgica. Además de militar con el OFK Belgrado de su país natal; Vitória Guimarães de Portugal; Shandong Luneng y Jiangsu Sainty de China, así como el Red Bull Salzburgo de Austria